หลังจากฝ่ายมนุษย์ชนะพ่อมดชางซุงไปได้ โลกควรจะสงบสุข แต่จู่ๆ ก็เกิดลมพายุดำขึ้น พวกปีศาจฝ่าย Outworld มากันเต็มไปหมด พร้อมด้วยหัวหน้าใหญ่ เชาคาน (Brian Thompson) จอมจักรพรรดิที่ยกทัพฉีกกฎ Mortal Kombat เพื่อครองโลกทั้งใบภายใน 7 วัน แต่ฝ่ายมนุษย์ย่อมยอมไม่ได้ นำโดยลูเคง (Robin Shou), ซอนย่า เบลด (Sandra Hess), จอห์นนี่ เคจ (Chris Conrad) และ เจ้าหญิงคิทาน่า (Talisa Soto) เลยออกโรงต่อกรกับพวกเขาเชาคานในทันที แต่ฝีมือของเชาคานร้ายกาจจนพวกเขาไม่สามารถรับมือได้ ลอร์ด เรย์เดน (James Remar) เทพเจ้าสายฟ้าผู้คอยช่วยเหลือเหล่านักสู้ฝ่ายมนุษย์เลยจัดการพาทุกคนหนีออกมาเพื่อตั้งหลัก