หลังจากการต่อสู้ครั้งสุดท้ายของ อุลตร้าแมนทริกเกอร์ เมื่อสองปีก่อน ทั่วโลกก็กลับสู่สันติ ทว่าความสงบสุขที่ว่าก็อยู่ได้ไม่นานนัก เมื่อมีสัตว์ประหลาดปรากฏตัวขึ้นบนพื้นโลกอีกครั้ง และในช่วงเดียวกันนั้นเองก็มีผู้บุกรุกลึกลับ ได้ลอบเข้าไปยังซากโบราณสถานที่กระจายอยู่ทั่วโลก ทีม GUTS-Select ที่มีกัปตันคนใหม่ จึงเข้าทำการสืบสวน แต่ที่พวกเขาคาดไม่ถึงก็คือเหตุการณ์ข้างต้นเป็นจุดเริ่มต้นของการต่อสู้ที่มีชะตากรรมของโลกเป็นเดิมพัน หน่วย GUTS-Select ที่มี มานากะ เคนโกะ เป็นหัวหอกของทีม ได้ร่วมมือกับ อุลตร้าแมนเซต เพื่อเข้าต่อสู้กับผู้ช่วยร้ายที่ย่างกรายมาจากเงาดำ อีวิลทริกเกอร์ ยักษ์ใหญ่ผู้ช่วยร้ายที่สืบทอดพลังแห่งความมืด เพื่อส่งรอยยิ้มให้ทุกคน เคนโกะ ในฐานะที่่เป็นร่างสถิตของ อุลตร้าแมนทริกเกอร์ กับ ฮารุกิ ร่างสถิตของ อุลตร้าแมนเซต ต้องผนึกกำลังกับสมาชิกใหม่ของ GUTS-Select รวมไปถึง อิกนิส ที่เป็นร่างสถิตของ ทริกเกอร์ดาร์ค ในศึกการต่อสู้ครั้งใหม่ระหว่างแสงสว่างกับความมืด!