หลังจากพวกนินจาเต่า ลีโอนาร์โด, ไมเคิลแองเจโล, โดนาเทลโล และ ราฟาเอลปราบเหล่าร้ายสำเร็จ พวกเขาต่างแยกย้ายกลับไปอยู่กับครอบครัว ในที่สุดอาจารย์สปลินเตอร์ รู้สึกกังวลใจกับสิ่งแปลกประหลาดที่เกิดขึ้นภายในนิวยอร์คซิตี้ จอมวายร้ายได้สะสมกำลังเพื่อที่จะยึดครองโลกใบนี้ อาจารย์สปลินเตอร์จึงเรียกพวกเขากลับมารวมตัวกันอีกครั้ง มีแต่ซูเปอร์นินจาเต่าเท่านั้นที่จะยุติเรื่องร้ายและกำจัดจอมวายร้ายเหล่านี้ให้หมดไปจากโลกใบนี้ได้ การผจญภัยครั้งใหม่ของขบวนการนินจาเต่าจึงอุบัติขึ้น...