เมื่อมาสค์ไรเดอร์โอส กับ อั๊งค์ ได้พบกับสัตว์ประหลาดลึกลับก่อนที่มันจะหนีหายไป ระหว่างนั้นเอง มาสค์ไรเดอร์นิวเดนโอ ก็ปรากฏตัวขึ้นเพื่อไล่ตามสัตว์ประหลาดตัวนั้นไปในอดีต โดยที่มีมาสค์ไรเดอร์ โอส เดินทางไปด้วย พวกเขาไม่รู้เลยว่าการกระทำนี้ได้เปลี่ยนอดีต และทำให้องค์กรช็อคเกอร์สามารถยึดครองโลกได้ แถมมาสค์ไรเดอร์หมายเลข 1 กับ หมายเลข 2 ก็กลับกลายเป็นนักรบระดับแนวหน้าของช็อคเกอร์ไปเสียอีก!! จึงเป็นเหตุให้เกิดการห้ำหั่นกันระหว่าง มาสค์ไรเดอร์หน้าใหม่ กับ มาสค์ไรเดอร์รุ่นใหญ่ และเพื่อที่จะแก้ไขประวัติศาสตร์ให้กลับมาเป็นเหมือนเดิม การรวมพลังกันของเหล่ามาสค์ไรเดอร์ทุกคน จึงเป็นสิ่งสำคัญยิ่งในการปราบเหล่าร้ายในครั้งนี้