Super Hero Taisen GP Kamen Rider 3 มหาศึกฮีโร่ประจัญบาน GP ปะทะ คาเมนไรเดอร์ หมายเลข 3 องค์กรวายร้าย "ช็อคเกอร์" ได้ทำการพลิกหน้าประวัติศาสตร์ โดยการส่งมนุษย์ดัดแปลงตนใหม่ "คาเมนไรเดอร์หมายเลข 3" เพื่อมากำจัดคาเมนไรเดอร์หมายเลข 1 และ 2 ใน ค.ศ. 1973 ซึ่งทำให้ปัจจุบันของโลกคู่ขนาน ช็อคเกอร์ทรงอำนาจถึงขั้นยึดครองทั้งโลก หน่วยสืบสวนพิเศษที่ขึ้นตรงต่อองค์กรช็อคเ­กอร์ นำโดย "โทมาริ ชินโนะสุเกะ" และคู่หู "ชิจิม่า คิริโกะ" คอยต่อสู้กับเหล่าไรเดอร์เพื่อปกป้แงสันติ­สุขแก่ช็อคเกอร์ ไรเดอร์จำนวนมากไม่ถูกจำคุกก็ถูกล้างสมองเ­พื่อเป็นทาสใช้งาน เมื่อรู้ความจริง ชินโนะสุเกะและคิริโกะ จึงได้เข้าร่วมทัพไรเดอร์ที่หลงเหลืออยู่ เพื่อยืนหยัดต่อกรกับช็อคเกอร์และเปลี่ยนป­ระวัติศาสต์คืนมาดังเดิม