การใช้ชีวิตอยู่ในแนวโขดหินประการังใต้ทะเลลึกนั้น ช่างเป็นสิ่งที่เต็มไปด้วยอันตรายสำหรับเหล่าปลาการ์ตูนตัวน้อยๆ จึงไม่แปลกที่ มาร์ลิน ปลาการ์ตูนพ่อม่าย จะต้องทุ่มเทแรงกายแรงใจเต็มที่ในการปกป้อง นีโม ลูกชายตัวเดียวของเขาให้ได้ แม้ใจเขาจะมีทั้งความกลัวและความกังวลประดังถาโถมเข้ามา และแล้ว เวลาที่นีโมจะต้องออกจากบ้านอันแสนปลอดภัยของเขาก็มาถึง