พวกของซาโตชิได้เดินทางไปยังเมือง “เดเสิร์ตซิตี” และได้พบกับ “ฮูปา” (ร่างผนึก) และหญิงสาวที่ชื่อว่า “แมรี” แต่ขณะที่กำลังสนทนากันนั้น “บัลซา” พี่ชายของแมรีก็ได้เปิดคนโทออกซึ่งสิ่งที่ปรากฏออกมาก็คือ ฮูปาร่างยักษ์ ที่เต็มไปด้วย “ความโกรธแค้น” ที่สั่งสมจากการโดนสะกดมานานนับ 100 ปี โปเกมอนในตำนาน “ลูเกีย” “ลาทิโอส” “ลาทิอัส” และ “เมก้าเรควอซาสีดำ” ได้ออกมาช่วยพวกซาโตชิ แต่ฮูปาร่างมืดก็ได้เรียกโปเกมอนในตำนานอี­กหลายตัวออกมาเช่นกัน การต่อสู้ของเหล่าโปเกมอนในตำนานที่มีชะตา­กรรมของโลกจึงอุบัติขึ้น และสุดท้าย ซาโตชิ ฮูปา และโลกทั้งใบจะมีชะตากรรมเช่นไร รอติดตามกันได้