วันนึงหญิงสาวนาม จิโยเมะ เฮโซกะคูเระ พร้อมเด็กชายนาม ชินโซ ได้เดินทางมาพบครอบครัวโนฮาร่าที่บ้าน เพื่อบอกกับฮิโรชิและมิซาเอะว่าตัวของเธอนั้นคือแม่ที่แท้จริงของชินจัง!? แม้จะสร้างความประหลาดใจให้กับทุกคน แต่ครอบครัวโนฮาระก็ไม่อาจที่จะขับไสไล่ส่งเธอไปได้ จึงยินยอมให้เธอพักอาศัยด้วยหนึ่งคืน ในคืนนั้นเองกองทัพนินจาลึกลับได้บุกเข้าจู่โจม ทำให้ทั้งจิโยเมะและชินจังหายตัวไปอย่างลึกลับ ณ หมู่บ้านนินจาตระกูลเฮโซกะคูเระ กำลังทำหน้าที่ปกป้อง