โซโนดะ มาริ ที่กำลังมุ่งหน้าไปยังร้านทำความสะอาดของเคทาโร กับโจทาโร่ หลานชายของเธอ และได้พบกับการกลับมาของ นาโอยะ และมาซาโตะ ในขณะเดียวกัน Smart Brain ซึ่งกลายเป็นองค์กรของรัฐได้แปรสภาพเป็นบริษัทใหม่ที่มีเป้าหมายที่จะทำลายล้างชีวิตอัลเฟนอคทั้งหมด และการดำเนินการนี้นำโดย คิตาซากิ เพื่อปกป้องอัลฟนอคจากการสูญพันธุ์ คุซากะ มาซาโตะ ต้องต่อสู้กับ เรนะ คุรุมิ ผู้บังคับบัญชาของสมาร์ทเบรน ไม่เพียงเท่านั้น เธอยังได้รับความช่วยเหลือจาก อินูอิ ทาคุมิ ที่หายตัวไปเมื่อหลายปีก่อน ซึ่งกลับมาในร่างของ Masked Rider NEXT Faiz ทำไมเขาถึงร่วมมือกับ Smart Brain ได้ ปริศนา และการต่อสู้ครั้งใหม่ที่มีทั้งชีวิตของมนุษณ์ และอัลเฟนอค ได้เริ่มต้นขึ้นแล้ว