ระลอกคลื่นของเหล่าไคจูโผล่ออกมาจากเขตอุตสาหกรรมในโตเกียว กระตุ้นให้กัปตันเกนโตะและหน่วย สคาร์ค(SKaRD) ต้องเข้าสู่การต่อสู้อย่างเต็มกำลัง การโจมตีของไคจูอันไม่มีที่สิ้นสุดยังคงดำเนินต่อไป จากการสืบหาต้นตอ ความเชื่อมโยงทั้งหมดชี้ไปที่ Necromass Co. บริษัทเกี่ยวกับสารเคมีซึ่งทำการวิจัยซากไคจู และเป็นเจ้าของโรงงานในพื้นที่อุตสาหกรรมที่เป็นแหล่งกำเนิดของสัตว์ประหลาด หน่วยสคาร์ดจึงรีบไปหาซีอีโอของบริษัท และนักเคมีชื่อดัง ดร. มาบุเสะ ที่ศูนย์วิจัยของ Necromass Co. ดร.มาบุเสะ อธิบายถึงการพัฒนาของ ดามูดอกซิน ซึ่งเป็นสารที่จวนจะบรรลุความเป็นอมตะ ในขณะเดียวกันมนุษย์ต่างดาว ดามุโน่ ที่อ้างตัวว่าเป็น "ผู้ปกครองจักรวาล" ก็ปรากฏตัวขึ้น! ความโกลาหลเกิดขึ้นเมื่อดามูดอกซินรั่วไหลออกจากถังที่ถูกทำลาย และโดนซากไคจูก่อให้เกิดกงกิลกันยักษ์ อุลตร้าแมนบลาซาร์ และหน่วยสคาร์ด จึงต้องเข้าต่อสู้อย่างสุดความสามารถ เพื่อปกป้องเมืองโตเกียว และชีวิตของชาวเมืองให้จงได้