หลังจากที่ก็อตซิลลานั้นปรากฏตัวและเริ่มต้นอาลาวาดทำลายเมืองต่างๆนั้นยังได้เข้ามาถึงเมืองหลวงของญี่ปุ่นโตเกียวซึ่งทางกองกำลังทหารนั้นต่างก็ออกมาช่วยกันในการจัดการกับก็อตซิลลาแต่ไม่สามารถที่จะทำอะไรได้เลย[1] และจากนั้นจึงได้มีการนำอาวุธทำลายสูงที่เรียก ว่าโอคิชิเจนเดธทรอยเยอร์ที่สร้างขึ้นมาเพื่อทำลายก็อตซิลาโดยเฉพาะและหลังจากที่ได้ใช้อาวุธที่ทรงอานุภาพแล้วนั้นทำให้สามารถที่จะขับไล่ก็อตซิลลาไปได้ทำให้ญี่ปุ่นนั้นกลับเข้าสู่ความสงบอีกครั้งหนึ่งและก็อตซิลลาก็หายลับไปในทะเลอันเงียบสงัดอีกครั้ง[1] เหล่าเรือเดินทะเลต่างก็พากันหายสาบสูญเมื่อได้เดินทางเข้าใกล้กับเกาะโอจิม่า ทำให้มาซาชิ นักศึกษาเรื่องราวของสิ่งแปลกประหลาดนั้นเริ่มที่จะค้นหาความจริงเกี่ยวกับเรื่องนี้ ต่อมาในค่ำคืนที่เกิดพายุรุนแรงบริเวณเกาะโอจิม่านั้นได้เกิดเงาของสัตว์ประหลาดยักษ์ปรากฏขึ้นมาและจากนั้นบริเวณที่อยู่ใกล้เคียงกับเกาะก็ถูกทำลายจนสิ้นและจากผู้ที่ได้เห็นเหตุการณ์ว่าเป็นสัตว์ประหลาดที่อยู่ในตำนานชื่อว่า ก็อตซิลลา ที่หลับใหลอยู่ใต้ทะเลลึกต้องการที่จะขึ้นมาทำลายโลก และเมื่อข่าวแพร่ไปจนรู้ถึงด็อกเตอร์ยามาเนะที่สนใจเรื่องราวนี้เป็นพิเศษจึงได้เริ่มต้นในการสืบหาความจริง