ในภาคที่สามนี้ นีโอ, ทรินีตี้ และ มอร์เฟียส พร้อมกับกองกำลังติดอาวุธที่เหลือ ยังคงต่อสู้กับเครื่องจักรที่จองจำมวลมนุษย์ไว้ในเดอะ แมททริกส์ต่อไป แต่ทว่า ตอนนี้ พวกเขามีความมั่นใจในการเผชิญหน้ากับมันมากขึ้น นีโอ เริ่มเข้าใจอย่างถ่องแท้แล้วว่า เขาคือยอดมนุษย์ที่มีพลังอำนาจอย่างเหลือเชื่อ และเริ่มรู้แล้วด้วยว่า เขานั้นสามารถมองเห็นรหัสของมนุษย์และสิ่งต่างๆ บนโลกได้ ในเวลาเดียวกัน จำนวนมนุษย์ที่เริ่มตื่นจากโลกของเดอะ แมททริกส์ก็เพิ่มมากขึ้น เมื่อเป็นเช่นนี้ เครื่องจักรสังหารจึงเริ่มบุกรุกไซออน ศูนย์กลางของมวลมนุษยชาติแห่งสุดท้ายที่ยังหลงเหลืออยู่