ในภาคนี้ นีโอได้ค้นพบพลังพิเศษของตน ในเวลาเดียวกันกับที่ไซออนถูกรุกรานจากกองทัพจักรกล จนอาจนำไปสู่อวสานของเผ่าพันธุ์มนุษย์ นีโอจึงต้องกลับเข้าไปในโลกแห่งเมทริกซ์อีกครั้งพร้อมกับทรินิตี้และ.มอร์เฟียส เพื่อต่อสู้ กับฝ่ายเครื่องจักรตามคำทำนายของเทพพยากรณ์ผู้กล่าวว่าเดอะวันจะเป็นผู้มาเพื่อยุติสงครามครั้งนี้