หลังจากที่หน่วยสำรวจของมนุษย์ที่มาทวงคืนผืนโลกจากราชันย์อสูรกาย Godzilla ได้สำเร็จ แต่ว่าพวกเขากลับฉลองความยินดีได้ไม่นานก็พบว่า มี Godzilla ตัวที่ใหญ่กว่าซึ่งใช้เวลาพัฒนาร่างกว่า 20,000 ปี มีความสูง 300 เมตรและหนักกว่า 100,000 ตัน ทำให้ Haruo ผู้นำทีมต้องถอยทัพ แต่ตัวเขาโดนลูกหลงจากการโจมตีจนหายสาปสูญไป แต่ว่า Haruo ได้รับการช่วยเหลือจาก Miana สมาชิกของชนเผ่าพื้นเมืองนามว่า Houtu เขาเหล่านั้นเป็นสิ่งคล้ายมนุษย์พวกแรกที่ผู้กลับมาได้พบเจอ พวกเขาคือทายาทของมนุษย์หรือเปล่า “เทพเจ้าของเผ่าเราโดนทำลายโดย Godzilla สิ่งเหลืออยู่ของพวกเรามีเพียงไข่พวกนี้เท่านั้น ใครก็ตามที่อาจหาญต่อต้านเขาล้วนถูกแผดเผาสิ้น” ชาวเผ่าเหล่านั้นกล่าวกับ Haruo ผู้ซึ่งตอบกลับเพียงว่า “นี่คือความหวังสุดท้ายในการกอบกู้บ้านของเรา” ในขณะเดียวกันผู้บัญชาการ Bilusaludo และ Galu-Gi ได้ค้นพบหัวธนูของชนเผ่า Houtu ที่ทำด้วยโลหะนาโน ซึ่งมันเป็นเหล็กที่ใช้พัฒนา “นักรบผู้ต่อต้าน Godzilla” เมื่อศตวรรษที่ 21 ที่เตรียมนำไปต่อสู้ที่ปลายหุบเขาฟูจิ และเตรียมถูกนำมาใช้ในชื่อ Mechagodzilla แต่ว่าถูกทำลายไปก่อน การมีอยู่ของลูกธนูทำให้มีความหวังว่าโรงงานแห่งนั้นยังมีประสิทธิภาพในการกู้ Mechagodzilla ก็เป็นได้