เมื่อสามหมื่นเจ็ดพันปีก่อนมหันตภัยลับได้ถูกฝังไว้ในถํ้าลึกลับกลางเท็ก ซัส บัดนี้ความลับนั้นได้ถูกค้นพบ และมันคือจุดเริ่มต้นของจุดจบแห่งมวลมนุษยชาติ “เชื้อร้ายที่หมายสยบทุกเชื้อพันธุ์บนโลก” เมื่ออาคารสํานักงานเอฟบีไอในดัลลัส , เท็กซัส ระเบิดขึ้นโดยฝีมือผู้ก่อการร้าย เจ้าหน้าที่ฟ็อกซ์ มัลเดอร์ (เดวิด ดูคอฟนี่ย์) และ ดาน่า สกัลลี่(จิลเลี่ยน แอนเดอร์สัน) ถูกฉุดลงสู่แผนคบคิด อันตรายลํ้าลึกกว่าคดีใดๆที่ทั้งสองเคยเผชิญมา ด้วยความช่วยเหลือจากด็อกเตอร์ผู้ลึกลับ (มาร์ติน แลนเดา นักแสดงเจ้าของรางวัลออสการ์) มัลเดอร์และสกัลลี่จึงต้องเอาตําแหน่งหน้าที่และชีวิตของตนเข้าเสี่ยง เพื่อไล่ล่าไวรัสที่อาจมาจากนอกโลก ซึ่งสามารถทําลายทุกชีวิตบนโลกได้ ระหว่างการตามล่าหาความจริง ทั้งสองต้องเผชิญหน้ากับองค์กรลับที่เรียกตัวเองว่า “ซินดิเคท” กลุ่มคนทรงอํานาจที่จะหยุดทุกสิ่งเพื่อรักษาความลับของพวกเขาไว้ จากถํ้าในเท็กซัสสู่สํานักงานเอฟบีไอ จนถึงแอนตาร์กติกา ศูนย์รวมความลับที่ยิ่งใหญ่ที่สุดที่มัลเดอร์และสกัลลี่จะได้พบกับมัน