บรรพชนของขงจื๊อสืบเชื้อสายจากเจ้าผู้ครองแคว้นซ่ง（宋国）ซึ่งเป็นหนึ่งในสายราชนิกุลแห่งราชวงศ์ซาง（商朝）บรรพชนรุ่นต่อมาได้รับราชการเป็นขุนนางชั้นสูงของแคว้นซ่งมาหลายชั่วคน แต่ด้วยเหตุความวุ่นวายทางการเมืองจึงลี้ภัยมาอยู่ที่แคว้นหลู่（鲁国）บิดาของขงจื๊อมีนามว่า ข่งเหอ（孔纥）หรือเรียกอีกชื่อหนึ่งว่า ซูเหลียงเหอ（叔梁纥）เป็นผู้มีการศึกษาและชำนาญยุทธ์รูปร่างสูงใหญ่กำยำ รับราชการในแคว้นหลู่ และเคยเข้าร่วมกับกองทัพปกป้องบ้านเมืองจาการรุกรานของต่างแว่นแคว้นถึง 2 ครั้ง เขามีภรรยา 3 คน ภรรยาคนแรกให้กำเนิดบุตรสาว 9 คน ส่วนภรรยาคนที่สอง ถึงแม้จะให้กำเนิดบุตรชายคนแรก แต่ก็พิการทางขาตั้งแต่ยังเด็ก ซูเหลียงเหอในวัย 66 ปีจึงต้องแต่ง เหยียนเจิงไจ้（颜征在 บางตำราเขียนว่า 颜征）เป็นภรรยาคนที่สาม เพื่อมีทายาทสืบสกุลอย่างสมบูรณ์