อัลวิน (พากย์เสียงโดย จัสติน ลอง) ไซม่อน (พากย์เสียงโดย แมทธิว เกรย์ กูเบลอร์) และธีโอดอร์ (พากย์เสียงโดย เจสซี่ แม็คคาร์ทนีย์) ยังคงกลับมาพร้อมความน่ารัก น่าหยิกเหมือนเดิม จากที่พวกเขาทั้ง 3 ประสบความสำเร็จในการตั้งวงดนตรี และกลายเป็นร็อคสตาร์ไปแล้ว ในงานโชว์การกุศลครั้งหนึ่งเกิดเรื่องไม่คาดฝัน ทำให้ เดฟ (เจสัน ลี) ประสบอุบัติเหตุ จนต้องรักษาตัวในโรงพยาบาล เดฟตัดสินใจส่งชิพมังค์ทั้ง 3 ตัวเข้าโรงเรียน และขอให้ ป้าแจ็คกี้มาช่วยดูแลชิพมังค์ทั้งสามตัว แต่สุดท้ายภาระการดูแลเหล่าชิพมังค์ก็ตกไปอยู่กับ โทบี้ (แซ็คคารี่ ลีวาย) หลานชายจอมป่วนของป้าแจ็คกี้โดยปริยาย