อิคาริ ชินจิ ยังคงขับอีวานเกเลี่ยนเครื่อง 01 เพื่อสู้กับเทวทูตต่อไป แต่คราวนี้เขาไม่ได้สู้เพียงลำพังเหมือนแต่ก่อนอีกแล้ว อายานามิ เรย์ ขับอีวานเกเลี่ยนเครื่อง 00 และชิกินามิ อาสึกะ แลงเล่ย์ ขับอีวานเกเลี่ยนเครื่อง 02 เพื่อเข้าต่อสู้กับพวกเทวทูตด้วยอีกแรง และยังมีเด็กสาวปริศนา มากินามิ มาริ อิลัสเทรียส ผู้ขับอีวานเกเลี่ยนเครื่อง 05 เข้ามาเกี่ยวข้องด้วย ทว่าในระหว่างนั้น พวกเทวทูตก็ร้ายกาจขึ้นเรื่อยๆ กลิ่นอายจากแผนการร้ายของมนุษย์ด้วยกันเองก็ปรากฏขึ้น! อิคาริ ชินจิผู้ต่อสู้กับเทวทูตเพื่อหวังจะได้รับความรักจากพ่อ จะสามารถก้าวข้ามตัวเองและมอบความรักให้แก่ผู้อื่นแทนได้หรือไม่? ความสัมพันธ์ที่ถูกพัฒนาระหว่างเด็กวัยรุ่นทั้งสาม กำลังจะพาเรื่องราวทั้งหมดเข้าสู่จุดจบของโลกอย่างที่ไม่มีใครคาดถึง!