ในปี ค.ศ. 2015 เป็นเวลา 15 ปีหลังจากหายนะที่เรียกว่า เซคันด์อิมแพกต์ การตกกระแทกของอุกกาบาตขนาดใหญ่ที่มีสิ่งมีชีวิตพิเศ ษที่เรียกว่าอดัมที่ขั้วโลกใต้ เป็นเหตุให้น้ำแข็งขั้วโลกละลาย ส่งผลให้ระดับน้ำทะเลสูงขึ้น ซึ่งเป็นเหตุทำให้ประชากรของโลกจำนวนมากต้องล้มตายลง เกือบครึ่งหนึ่งของประชากรทั้งหมด เหล่าผู้นำประเทศระดับสูงจึงได้เริ่มมีการจัดตั้ง สหประชาคมโลกและองค์กรพิทักษ์มนุษยชาติ โดยมีการตั้งเมืองแบบใหม่แทนที่เมืองที่ถูกจมลงในทะเ ล โดยมีการสำรวจความเสียหายและการวิจัยเศษซากของอุกกาบ าตนั้น ได้พบกับ เทวทูตตนที่ 1 คือ ตัวอ่อนของอดัม และ เทวทูตตนที่ 2 คิอ ลิลิธ โดยทำการผนึกไว้ที่เมืองใหม่ที่ชื่อ เนโอโตเกียว แห่งที่ 3 ด้วยหอกลองกินุส เพื่อยับยังการคืนชีพของเทวทูตตนที่ 2 โดย เนโอโตเกียวแห่งที่ 3 เป็นเมืองหน้าด่านในการป้องกันโลกจากการจู่โจมของ เทวทูต ด้วยโครงสร้างพิเศษ เพื่อป้องกันการนำ ลิลิธออกมานั่นเอง โดยใช้อาวุธชีวะภาพที่ได้สร้างขึ้นด้วยมนุษย์จากข้อม ูลที่เหลืออยู่ในอุกกาบาตที่ตกลงมาที่ขั้วโลกใต้ สร้างขึ้นมาและใช้ชื่อเรียกว่า Evangelion