เมื่อตัวตนของ เจสัน บอร์น และโครงการลับถูกเปิดเผยสู่สาธารณชน เหล่าบรรดาผู้อยู่เบื้องหลังโครงการต่างตัดสินใจปิดโครงการที่เกี่ยวข้อง ทำให้ แอรอน ครอสส์ (เจเรมี่ เร็นเนอร์) หนึ่งในสายลับในโครงการต้องหนีเอาชีวิตรอดจากการถูกไล่ล่า