สายลับเจ (วิลล์ สมิธ) และ เค (ทอมมี่ ลี โจนส์) กลับมาอีกครั้ง และก็ทันเวลาซะด้วย เจ ได้พบเห็นสิ่งที่ไม่อาจอธิบายได้มากมายตลอดระยะเวลา 15 ปี ที่เขาอยู่กับ Men in Black แต่ไม่มีอะไร แม้แต่เอเลี่ยน ทำให้เขางุนงงได้มากเท่ากับคู่หูช่างจิกกัดของเขา แต่เมื่อชีวิตของ เค และชะตากรรมของโลกใบนี้ตกอยู่ในอันตราย สายลับเจ ก็จะต้องย้อนเวลากลับไปเพื่อแก้ไขทุกอย่างให้กลับมาสู่ที่ทางของมัน เจ ค้นพบว่าจักรวาลนี้มีความลับมากมายที่ เค ไม่เคยบอกเขา มันเป็นความลับที่จะเปิดเผยออกมาเมื่อเขาได้ร่วมงานกับ สายลับเค วัยหนุ่ม (จอช โบรลิน) เพื่อช่วยเหลือคู่หูของเขา หน่วยงานและอนาคตของมนุษยชาติ